- Sekretariat Daerah
a. Bagian Pemerintahan Umum dan Otonomi Daerah
b. Bagian Kesejahteraan Rakyat
c. Bagian Hukum
d. Bagian Perekonomian
e. Bagian Administrasi Pembangunan
f. Bagian Pengadaan Barang dan Jasa
g. Bagian Organisasi
h. Bagian Protokol Dan Komunikasi Pimpinan Setdako Padangsidimpuan - Sekretariat DPRD
- Inspektorat Daerah
- Dinas Pendidikan
- Dinas Kesehatan
- Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang
- Dinas Perumahan Rakyat dan Kawasan Permukiman
- Satuan Polisi Pamong Praja
- Dinas Sosial
- Dinas Pemadam Kebakaran dan Penyelamatan
- Dinas Ketenagakerjaan
- Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak
- Dinas Ketahanan Pangan
- Dinas Lingkungan Hidup
- Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil
- Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa
- Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana
- Dinas Perhubungan
- Dinas Komunikasi dan Informatika
- Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
- Dinas Perpustakaan
- Dinas Pertanian
- Dinas Pariwisata
- Dinas Perdagangan
- Badan Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan Daerah
- Badan Keuangan Daerah
- Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia
- Kecamatan Padangsidimpuan Utara
- Kecamatan Padangsidimpuan Selatan
- Kecamatan Padangsidimpuan Batunadua
- Kecamatan Padangsidimpuan Hutaimbaru
- Kecamatan Padangsidimpuan Tenggara
- Kecamatan Padangsidimpuan Angkola Julu
- Kantor Kesatuan Bangsa Dan Politik
- Badan Penaggulangan Bencana Daerah
- Rumah Sakit Umum Daerah